2.5. Если мне прислали зашифрованное SMS, когда приложение Stealthphone Soft было выключено, я увижу его в списке обычных пришедших SMS-сообщений?

Нет. Если в момент отправки вам зашифрованного SMS ваше приложение Stealthphone Soft было выключено, вы не сможете получить это SMS даже в том случае, если в последующем запустите приложение Stealthphone Soft.